Szacuje się, że pierwsze siedliska Aborygenów na terenie dzisiejszego Sydney zostały założone około 40 tysięcy lat temu. Wejście do Port Jackson po raz pierwszy zaznaczył na mapie James Cook 29 kwietnia 1770. 18 stycznia 1788 r. kapitan Arthur Phillip przybył z wyprawą nazwaną w późniejszym czasie „First Fleet” (Pierwsza Flota) do Botany Bay na południu Port Jackson. W trakcie swojej trzydniowej ekspedycji rozpoznawczej odkrył najpierw Manly Cove, a dzień później, po drugiej stronie Port Jackson, inną zatokę, którą nazwał (na cześć ówczesnego brytyjskiego ministra spraw wewnętrznych Thomasa Townshend Sydney) Sydney Cove. 26 stycznia 1788 Phillip uznał właśnie to miejsce za odpowiednie na zwinięcie żagli i wzniósł w pobliżu dzisiejszego Circular Quay flagę Wielkiej Brytanii. Od tamtej pory 26 stycznia jest w Australii świętem narodowym.W latach początkowych Sydney było kolonią karną, przeżyło też kilkakrotnie „gorączkę złota”, po raz pierwszy w 1851 r.